Die Ufer des Vierwaldstättersees und Teile der angrenzenden Landschaft gelten als Landschaft von nationaler Bedeutung (BLN Gebiet). Einzelne, besonders wertvolle Gebiete sind in verschiedenen Bundesinventaren bzw. als kantonale oder regionale Naturschutzgebiete ausgewiesen.
Im Einzugsgebiet des Sees leben aber auch rund 200'000 Personen, die den See auf vielfältige Weise nutzen.
Zwischen den Nutzungen des Sees und dem Schutz der naturnahen Lebensräume und der Wasserqualität entstehen immer wieder auch Konflikte. Die Aufsichtskommission Vierwaldstättersee engagiert sich bei der Lösung der Konflikte zwischen Nutzungs- und Schutzansprüchen.